Die Krankheiten bei Chilis sind wie bei allen Pflanzen recht umfangreich. Die Überträger sind in der Regel Insekten die beim Saugen den Virus aufnehmen und nach den Pflanzenwechsel die nächste Pflanze infizieren. Auch Pilze nutzen die Insekten als Träger. Allerdings trägt der Wind die Sporen der Pilze sehr viel schneller zu neuen Wirten.

Die Viruskrankheiten sind nicht zu bekämpfen. Es werden deshalb nur einige erwähnt. Der bekannteste Virus bei Chilipflanzen ist der Kartoffel-Y-Virus. Die Erscheinungsbilder beim Tabakmosaikvirus,Gurkenmosaikvirus oder Chili Veinal Mottle Virus sind sehr ähnlich. Die Blätter bekommen Flecke, kräuseln sich,werden gelb und fallen ab. In der Regel sterben die Pflanzen ab. Eine Entsorgung ist zu empfehlen.

Besser als bei Viruserkrankungen sind Pilzerkrankungen zu bekämpfen. Zu entscheiden hat jeder selbst welche Mittel eingesetzt werden. Bedacht werden sollte, daß man selbst am Ende der Nahrungskette steht und die chemischen Mittel so eingesetzt werden, daß ein Konsum der erzeugten Früchte bedenkenlos erfolgen kann.

Mehltaupilze ob nun der echte oder der falsche Mehltau sind spezialisiert auf viele Gartenpflanzen. Viele sind Wirtspflanzentreu während Andere die Pflanzen wechseln. Der echte Mehltau überzieht die gesamte Pflanze mit dem weißen mehlig aussehenden Belag und nimmt seine Nahrung auf. Bei dem falschen Mehtau hingegen wird der weiße Belag nur an der Unterseite der Blätter gebildet, währen an der Oberseite der Blätter gelbe bis braun-rötliche Flecken entstehen.

Die Rostpilze erkennbar an dem rostbraunen oder rotbraunen Sporenlager sind ebenfalls sehr verbreitet. Feuchtwarme Witterung fördert die Ausbreitung auf der Pflanze. Die Verbreitung der Sporen wird durch Wind und Regen vorgenommen.

Die Umfallkrankheit kann schon mit den Samen verbreitet werden. Die zunächst gesund aussehenden auflaufenden Sämlinge bekommen kleine runde graue Flecken die schwarz werden. Plötzlich fallen die Sämlinge um. Die Wurzeln und Stengel sind durch den Pilz zerstört. Es gibt noch keine Abwehrmöglichkeit.

Die verschiedenen Welkekrankheiten sind ebenfalls auf Pilze zurüchzuführen. Eine Abwehr ist nicht möglich. Das Erscheinungsbild ist ein verwelken der Pflanzen trotz genügend Wasser und Nahrung. Auch hier kann eine Übertragung durch Samen oder schon im Boden vorhandene Sporen die Ursache sein.